Dù cùng nằm trên đỉnh của một ngọn núi lửa, nhưng nước trong các hồ này lại thay đổi màu sắc một cách định kỳ khác nhau từ đỏ và nâu sang màu ngọc lam và xanh lục. Cứ sau một khoảng thời gian nhất định màu nước trong ba hồ lại thay đổi. Năm 2009, màu nước của cả ba hồ chuyển sang xanh lục nhạt. Tháng 12/2008, màu nước trong hai hồ thay đổi. Từ màu đen, nước trong hai hồ phía đông lần lượt chuyển sang xanh lục thẫm và xanh dương. Nước trong hồ phía tây vẫn giữ màu đen.
Theo các nhà khoa học thì sự thay đổi màu sắc của nước trong hồ là do sự phản ứng hóa học của trữ lượng khoáng sản hay ảnh hưởng của loài sinh vật, rong rêu và đá trong miệng núi lửa gây ra.
Tuy nhiên, đối với người dân địa phương, sự thay đổi màu sắc này mang một ý nghĩa riêng. Màu sắc đặc biệt của nước trong các hồ trên cùng với khung cảnh xung quanh ngọn núi lửa luôn được phủ trong màn sương huyền ảo khiến người dân địa phương tin rằng, Kelimutu là nơi linh hồn người chết lưu tới.
Do đó, ba hồ trên núi Kelimutu lần lượt được gọi bằng những cái tên rất đáng sợ. Đầu tiên là hồ Tiwi Ata Mbupu có nghĩa là hồ của những người già, thứ 2 là Tiwu Nưa Muri Kooh Tai nghĩa là hồ của các trinh nữ và thanh niên và cuối cùng là Tiwu Ata Polo, hồ của những hồn ma độc ác hay hồ mê hoặc.
Hồ Ba Màu trên miệng núi lửa này là địa điểm du lịch mà du khách thích thú nhất và cũng là địa điểm du lịch trọng yếu trên đảo Flores. Đây cũng là điểm du lịch từng được giới thiệu trên tờ tiền giấy rupiah, một đơn vị tiền tệ của Indonesia.
Những hình ảnh tuyệt đẹp về hồ 3 màu: